Misija AGAPE temelji se na svetopisamskim načelima ljubavi prema bližnjima, kršćanskoj društvenoj etici te društvenoj odgovornosti crkve.

Svrha organiziranja humanitarne djelatnosti pokrenuta je vizijom boljeg svijeta bez nasilja, ratova, diskriminacija, nesnošljivosti, nepravde, nečovječnog siromaštva i patnje. AGAPE teži izgradnji svijeta koji je prožet kršćanskim vrijednostima i u kojem vladaju mir, praštanje i povjerenje, pravednost, pravda i sloboda, odsustvo siromaštva, solidarnost i društvena odgovornost te jednake mogućnosti za sve.

Ostale vrijednosti na kojima počiva AGAPE su: međusobna suodgovornost i međusobno uvažavanje, javnost djelovanja, poštivanje različitosti te ekumenizam, dijalog i mir.

AGAPE se aktivno zalaže za pravdu i pomirenje, slobodu svih ljudi i njihovu jednakost po liku Božjem bez obzira na spol, rasu, religiju, kulturu, klasu ili uzrast, te osudu svake opresije i diskriminacije.